1.Где искать ключ от терминала с данными в бункере мод-тек?
2.Секретный мини квест это с ключами элементов или еще какой? 
3.Нашел скелеты разработчиков, но не понял зачем искать вентили (один в бойлерной, другой, как написано на дне озера) Озеро носом перепахал - нету.

Зависит от того, оставили ли вы в живых Маркуса или нет. Если да, то просто поговорите с ним. Если нет, то возьмите с его трупа записку, в которой написано месторасположение "предателя".

Одну предстоит снять\получить от "предателя". По остальным даются заметки по ходу квеста (позже будет написано в FAQ все местонахождения артефактов).

На сколько я знаю, на столе у Маркуса или Матиаса.

Недалеко от Исторического музея. Если переместиться фаст-тревелом, то нужно выйти на дорогу и повернуть налево, затем идти прямо. Слева появится убежище Матиаса.

на базе можно будет поговорить с Маркусом и взять одного компаньона из трех возможных. Появятся два новых НПЦ - врач и торговец. Врач будет в столовой, торговец - в спальных помещениях. Так же ГГ выдадут его собственную кровать в спальных помещениях (она последняя, возле стены, слева.

Я первый раз прошел и выполнил только 4 заказа, потом не стал выполнять заказы и залез в долину. С группой Маркуса пришел и разобрался с Матиасом и так как вещей нужных я не собрал, так как не выполнял заказы, то пройти далее естественно не смог. Сейчас прохожу и исполняю заказы, так как меня сильно заинтересовал этот квест, мне кажется он интересным и даже очень(игра на противоречивости чувств), хотя - изначально не хотел в него играть, как то дурно пахло (казалось - для любителя), но любопытство всё же взяло верх и честно скажу, что играю и не жалею.
Хотелось бы сказать о том, что мне лично не понравилось, а не понравилось то, что при походе через пустошь к логову Маркаса (конечно, если не хочешь - можно группой перелететь - делов то, но для этого нужно знать куда), по пути следования, отряд громит всё живое на своём пути, не разбирая не отношений, ни фракций, а это очень даже не есть хорошо. Щё - масинькие ошибочки;
- возле вагона, после прохождения места нападения первого рейдера, в начале тоннеля метро Исторический музей, Маркус с группой (кста и Матиас тоже), теряют дорогу, хотя ... - может оно для некоторых и к лучшему...
- и, при появлении из лифта идёт авто сохранение и сразу разговор с охранником вечеринки, здесь несколько вариантов для ответа - если попытаться загрузиться с авто сохранения, для выбора другого ответа, то могут не сработать скрипты и игра застынет, кто то уже писал.
И ещё - как я понял ключом к последней закрытой двери, за которой находиться Маркус (первая встреча), является уничтожение наёмников в помещении перед этой дверью, как по мне, то лучше бы (или - от стиля игрока), был спрятан где то ключ.
Пока пытаюсь доиграть. Я дотошный и если чё найду то отпишусь, а пока мне очень даже нравиться Ваше дополнение, вылетов нет и от всей души Вам спасибо за работу.
..., чё же Вы так со Звягом то.)))