Касательно отмеченной первой задачи: обозначенной проблемы можно избежать путем использования рас, у которых общий вид текстур повторяет текстуры игровой модели. Например: сам я не проверял, не могу поручиться за правдивость, но кто-то мне говорил, что у реплейсера женских тел Type3 текстуры сделаны так, что руки на том же месте на текстуре, что и руки у игровой модели, ноги - там же, где ноги у игровой модели и т.п. В этом случае нет нужды переделывать всю игровую броню под новое тело (разве что ради коррекции пропорций, если очень хочется). Но для мужского тела такого хорошего реплейсера, насколько мне известно, не существует.

А вообще, если уж делать расу толстяков, то я бы просто запретил им менять их дефолтную толстяковскую одежду скриптом, и всего делов. Ну, либо, если так уж нужно, можно в какие-то моменты квеста (если это квест) опять же скриптом надевать на них другую одежду, для этого создать две-три (или сколько там надо) брони для толстяков, только и всего.

Насчет автоопределения лучшей брони знаю только то, что в этом задействованы статы брони. Как именно и какие именно - не знаю. В F3, полагаю, это было СУ (не знаю, как решался вопрос в случае равенства СУ надетой и только что добавленной в инвентарь брони, но логика подсказывает, что замена либо происходила, либо нет), в FNV, наверное, порог урона. Можно попробовать прояснить ситуацию экспериментом.